Jugendstilsenteret holder til i "Apothekergaarden" som sto ferdig i 1907. Dette er ett av ti bygg som er fredet fra gjenreisningsperioden etter bybrannen i Ålesund i 1904. Det ble tegnet for familien Øwre, og hadde funksjon som kombinert apotekutsalg og bolig. Huset er tegnet av arkitekt Hagbarth Schytte-Berg (1860–1944), og er et monumentalbygg i jugendstil, med asymmetrisk oppbygning, myke overganger og varierte vindusformer. Bygget er rikt dekorert både ute og inne i stein, tre blyglass og smijern. Den helhetlige ornamentikken fungerer som et godt eksempel på en særnorsk jugendstil inspirert av dyreornamentikk fra norsk middelalder i kombinasjon med samtidens internasjonale strømninger.

I jugendstilperioden var tanken om det totale kunstverk et sentralt prinsipp. Arkitektur, design og kunst skulle danne et helhetlig uttrykk og bindes sammen i en overordnet harmoni. Ønsket var å gjøre alle kunstartene likeverdige etter århundrer med diskusjon omkring deres hierarki. Spisestuen er i likhet med offisinet, trappeløpet og hallen tegnet og nøye planlagt av arkitekt Hagbarth Schytte-Berg: fra taklister og brystningspanel til spisestuemøblement. Studerer man interiøret kan man kjenne igjen overordnede elementer fra resten av arkitekturen. Spisestuen er utformet i lys eik, og fremstår i dag i stor grad som uendret siden ferdigstillingen.